TruArray® 挚睿®
序列模板填写指南

序列模板文件下载

4K 通量,不含标准质控序列
至多填写 4,096 条序列
下载
4K 通量,含质控序列
至多填写 4,000 条序列
下载
65K 通量,不含质控序列
至多填写 65,000 条序列
下载
65K 通量,含质控序列
至多填写 65,536 条序列
下载

文件格式

文件格式为含有两张表单的 Excel 文件,您可以修改文件名,但请勿对表单名进行修改。

Oligo_ID_and_Seq 表单

记录寡核苷酸的种类、名称和序列,含有三列信息

Oligo_No
每种寡核苷酸的索引编号

0 代表示例,1 至 4096/65536 代表用户需要合成的序列,
请勿对该列进行任何修改、增删。

Oligo_ID
每种寡核苷酸的名称

相当于 FASTA 格式的“>”后的内容

Oligo_Seq
每种寡核苷酸的序列

5′ -> 3′ 方向

Array_Coord 表单

设定寡核苷酸在芯片上的坐标,含有三列信息

Row
芯片上的行坐标

通常为 1 ~ 64 或 1 ~ 256,请勿对该列进行任何修改、增删。

Column
芯片上的列坐标

通常为 1 ~ 64 或 1 ~ 256,
请勿对该列进行任何修改、增删。

Oligo_No
每种寡核苷酸的索引编号
所填内容需已出现在 Oligo_ID_and_Seq 表单Oligo_No 列中。

填写和校验规则

Oligo_ID_and_Seq 表单

设定寡核苷酸在芯片上的坐标,含有三列信息
Oligo_No
  • 需为连续、不重复的正整数。
  • 不应该被修改。
Oligo_ID
  • 如不想设置寡核苷酸的名称,可将所有行全部留空(序列将自动赋予 ID),但不允许部分填写、部分留空。
  • 不允许出现重复的 Oligo_ID,若该序列需要被合成多次,请在 Array_Coord 表单中赋予多个坐标,而非将该序列的信息复制多行。
  • 允许出现的字符包括大小写字母(A-Z、a-z)、阿拉伯数字(0-9)、
    部分字符(+-=_.:),禁止出现空格、全角字符(含中文)、 换行符、制表符和
    其他特殊字符。
  • 基于多数生物信息软件的限制,Oligo_ID第一个字符必须为大小写字母,不可以是数字或特殊字符。
Oligo_Seq
  • 允许出现的字符包括大小写字母(A-Z、a-z)、阿拉伯数字(0-9)。
  • 如无特殊要求,尽量使用大写 A、C、G、T 表示天然碱基,默认情况下,小写字母将被转换为大写。
  • 大写 R、Y、S、W、K、M、B、D、H、V、N 代表简并碱基,默认情况下,小写字母将被转换为大写。
  • 您可以使用N代表随机简并碱基,但如果需要合成非 N 的简并碱基类型(如 R、Y、S、W、K、M、B、D、H、V),请联系我们的客户经理进行说明和确认。
  • 非 A、C、G、T、R、Y、S、W、K、M、B、D、H、V、N 字符(含数字)可代表 特殊单体、特殊合成工艺或修饰基团,如需使用,请联系我们的客户经理进行说明和确认。
  • 如您的大小写字母代表不同的单体或合成工艺,请联系我们的客户经理进行说明和确认。

Array_Coord 表单

Row
  • 需为连续、不重复的正整数。
  • 不应该被修改。
Column
  • 需为连续、不重复的正整数。
  • 不应该被修改。
Oligo_No
  • 需为正整数、留空或保留“Blocked for QC Loci”。
  • 留空代表该坐标不进行任何寡核苷酸的合成。
  • 保留“Blocked for QC Loci”代表该坐标用来合成质控序列。
  • 正整数代表合成在 Oligo_ID and Seq 表单中自定义的用户序列,该值必须存在于 Oligo_ID and Seq 表单中的 Oligo_No 列,且该行的 Oligo_Seq 值不为空。

其他建议和规则

[1]

Oligo_ID_and_Seq 表单中,每行代表一种唯一的寡核苷酸序列;比如用户需要使用 4K 通量芯片合成 1800 种不同序列,每种序列在芯片的不同坐标处合成 2 个拷贝,共占据 3600 个像素点,应在 Oligo_ID_and_Seq 表单中应填写 Oligo_No 为 1 至 1800 的行,并在 Array_Coord 表单中为每种序列指定两个坐标(两行),而非在 Oligo_ID_and_Seq 表单填写 Oligo_No 为 1 至 3600 的行。

[2]

Oligo_No 为“0”、Oligo_ID 为“Demo_Oligo”的行为示例行,请勿进行修改;该行内容不参与合成,

不会出现在合成产物中。

[3]

Oligo_ID_and_Seq 表单中被定义,但在 Array_Coord 表单 Oligo_ID 列中未被引用的序列,

将不参与合成,我们建议您进行核实。

[4]

原则上,Oligo_Seq 应尽可能与 Oligo_ID 一一对应、保持无重复;同一 Oligo_ID 只能对应一种 Oligo_Seq;不同 Oligo_ID 对应相同 Oligo_Seq 的情况是被允许的,但我们依然建议您进行核实。

[5]

应避免出现 Oligo_ID 为空但 Oligo_Seq 不为空的情况。

产物质量相关提示

[1]

如果不同序列长度差异较大,可能会造成合成载量的差异,使杂交信号、捕获效率的 均一性 受到一定影响。

[2]
如果您需要使用 polyX 序列补齐序列长度,dT是较为推荐的碱基类型。
[3]
过多的 dAdG 碱基含量,可能对合成质量造成影响。
[4]
寡核苷酸序列的 3′ 端偶联于芯片表面,在一些实验中可能会受到空间位阻影响;如果您担心该现象发生,可在询价表单中选择使用间隔序列(spacer),通常为长度为 20 ntpolyT 序列。

更多资料

常规合成试剂配置
电化学试剂配置
电化学试剂质量监控
合成仪管路检查
旋钮式合成模组安装和测试
旋钮式合成模组清洁维护
芯片耗材保存

Dr. Kang Kang

Partner & CBio

Dr. Kang received his Ph.D. in Bioinformatics and Systems Biology from the University of Hong Kong in 2018, then became a scientific co-worker of the Leibniz Association (Leibniz-HKI) and a visiting scientist at the Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability (DTU Biosustain) at the Technical University of Denmark. He was a scientist at BGI-Shenzhen and co-founded the synthetic biology research group. He was a senior bioinformatics engineer and brand advisor at WeGene. In 2021, Kang joined Biosysen Limited as a co-founder and served as Chief Informatics Scientist. He is also an advisor and author of the biotech media "Regenesis". He has been dedicated to the R&D and industrialization of OMICs technologies, high-throughput technologies, and synthetic biology for over 10 years. He joined LinkZill in March 2023, responsible for semiconductor life science tools and product planning.

康康   博士

合伙人兼首席生物信息官

博士毕业于香港大学生物信息和系统生物学专业,后任德国莱布尼茨协会科学合作者、丹麦科技大学诺和诺德生物可持续研究中心访问科学家。曾先后担任华大基因科学家,参与创立了华大基因合成生物学研究方向;微基因资深生物信息工程师、品牌顾问;倍生生物联合创始人兼首席信息科学家。他专注于合成生物学、组学和高通量技术10余年,同时也是生物技术领域颇具影响力的「行业KOL」。2023年3月加入领挚科技,负责半导体生命科学工具方向与产品规划。